广西医科大学党委武装部、保卫处是学校武装工作和安全保卫的主要职能部门，担负学校安全稳定和治安综合治理工作，在上级机关和学校党政领导下，按照“预防为主、保障安全”的工作方针，开展各项安全保卫工作，为学校的教学、医疗、科研工作保驾护航。

校园“110”24小时值班，随时接受和帮助处理校内发生的各项案件。

广西医科大学党委武装部、保卫处人员配备有干部13人，职工1人，校卫队员35人。主要的工作任务是：负责学校的安全稳定、校园安全文明建设、综合治理、消防安全、交通秩序、户籍管理以及学生军训和征兵工作、校内转业、复员、退伍军人的相关工作等，协助安全机关查处校园内发生的一般治安和刑事案件。